FlowJo官方版是一款專業(yè)高效的實(shí)用型流式細(xì)胞分析軟件，F(xiàn)lowJo官方版功能強(qiáng)悍，便捷好用，可以利用圖像分析細(xì)胞的各種變化，并且支持通過(guò)軟件自帶的分析功能，結(jié)合細(xì)胞模型創(chuàng)建合理的數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。

軟件功能

      A.階梯式設(shè)門

      FlowJo獨(dú)特的階梯式設(shè)門試一次革命性的創(chuàng)新。他一改傳統(tǒng)復(fù)雜的邏輯門設(shè)置，將細(xì)胞群之間的邏輯關(guān)系用簡(jiǎn)單的遞進(jìn)階梯式去呈現(xiàn)，并可以自定義細(xì)胞群名稱、進(jìn)而直觀的現(xiàn)實(shí)細(xì)胞群統(tǒng)計(jì)值，讓分析結(jié)果一目了然，簡(jiǎn)單清晰。

      B.圖像呈現(xiàn)法

      B1.多維參數(shù)顯示

      FlowJo官方版提供了靈活的數(shù)據(jù)呈現(xiàn)方式，全方位滿足用戶的數(shù)據(jù)分析需要。它可以呈現(xiàn)一維的直方圖，傳統(tǒng)的二維圖形，及動(dòng)態(tài)立體的三維圖形，從多個(gè)角度和空間對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行360°的靜態(tài)以及動(dòng)態(tài)解析。

      B2.多種圖形類型

      FlowJo除了提供傳統(tǒng)的散點(diǎn)圖，還提供多種圖形類型(如密度圖，等高圖，偽色圖，斑馬圖等)，在滿足不同分析需求的同時(shí)還保證了圖像的美觀和科學(xué)嚴(yán)謹(jǐn)需求。

      C.多種設(shè)門工具

      設(shè)門是流失數(shù)據(jù)分析中界定細(xì)胞目標(biāo)群的必要手段，不管要檢測(cè)的目標(biāo)細(xì)胞群是規(guī)則分布還是不規(guī)則分布，小概率事件還是大概率事件，F(xiàn)lowJo提供了多種設(shè)門工具，從而讓用戶方便的界定各種細(xì)胞群。

      D.強(qiáng)大的批量處理功能

      用戶可以做一個(gè)樣品的門分析，然后將這個(gè)分析批處理應(yīng)用到其他樣品上;也可以做一個(gè)樣品的圖形分析，然后將這個(gè)分析批處理用到其他樣品上。這樣避免了對(duì)每一個(gè)樣品進(jìn)行重復(fù)性試驗(yàn)的分析，即保證了數(shù)據(jù)分析的一致性及靈活性，同時(shí)也極大地提高了分析的效率并且得到完美的分析結(jié)果。

      D1.門的批處理

      你可以將一個(gè)樣品的門分析，批量應(yīng)用到其他的樣品上。整個(gè)過(guò)程只需要輕輕拖動(dòng)鼠標(biāo)就可完成，非常簡(jiǎn)單。

      D2.圖形分析的批處理

      圖像處理也可以用批量分析的方法，將一個(gè)樣品的分析應(yīng)用到其他樣品上。

      E.多種分析平臺(tái)及工具

      FlowJo自身包含了多個(gè)特殊的分析平臺(tái)來(lái)滿足細(xì)胞周期，細(xì)胞增殖，動(dòng)力學(xué)(鈣離子流量)等的分析。這些平臺(tái)采用權(quán)威的已發(fā)表的模型算法原理設(shè)計(jì)，來(lái)精確模擬數(shù)據(jù)分布。FlowJo還包含了多種獨(dú)特的分析工具，如數(shù)據(jù)聯(lián)結(jié)、衍生參數(shù)軸、校準(zhǔn)、Backgating、Show Ancestry、Sample Comparision等，讓你對(duì)數(shù)據(jù)作進(jìn)一步的深層分析及處理。

      F.熒光補(bǔ)償

      熒光補(bǔ)償是六十分析里面一個(gè)重要的概念也是一個(gè)復(fù)雜的過(guò)程，卻是流式分析必不可缺的部分。軟件補(bǔ)償一改過(guò)去在機(jī)器上手動(dòng)調(diào)節(jié)補(bǔ)償?shù)娜唛L(zhǎng)復(fù)雜過(guò)程，大大簡(jiǎn)化了熒光補(bǔ)償過(guò)程，將補(bǔ)償數(shù)據(jù)的過(guò)程變成一個(gè)可理解，可見(jiàn)的簡(jiǎn)單過(guò)程，同時(shí)提供了在機(jī)器上手動(dòng)補(bǔ)償所沒(méi)有的精確度和靈活性。

      G.靈活方便的數(shù)據(jù)導(dǎo)出

      數(shù)據(jù)的導(dǎo)出在FlowJo里面非常的輕松方便。不管是圖形數(shù)據(jù)還是數(shù)據(jù)表格，都可以方便的導(dǎo)出成各種格式用來(lái)做數(shù)據(jù)的分享和發(fā)表。

軟件特色

      1、省時(shí)，批量分析樣本;

      2、分析和自動(dòng)控制;

      3、制作信息電影

      4、研究分子相互作用，可視化化合物優(yōu)先次序和化合物結(jié)構(gòu)改造

      5、基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)中，同時(shí)考慮多參數(shù)的分子結(jié)構(gòu)

      6、改造的成功率遠(yuǎn)高于只考慮親和性的結(jié)構(gòu)

      7、能將已有的相關(guān)參數(shù)與實(shí)時(shí)3D可視化圖形相結(jié)合

安裝方法

      1、下載解壓文件，找到Flowjo 7.6.1 Min.exe雙擊安裝

      2、選擇安裝位置C:Program Files （x86）FlowJo 7.6

      3、創(chuàng)建菜單文件夾

      4、安裝預(yù)覽

      5、正在安裝，請(qǐng)稍后

      6、安裝完成

使用說(shuō)明

      FlowJo推出一些非常復(fù)雜的多變量分析的操作友好的前端，使人們有可能僅僅通過(guò)左右拖動(dòng)圖標(biāo)生成功能強(qiáng)大的批量處理。用它來(lái)處理數(shù)百個(gè)樣品，并建立完整的表 格和圖形的布局。豐富的多邊形門，出版質(zhì)量的圖表。圖表和表格出口到要執(zhí)行任何后續(xù)處理步驟。填寫演示序號(hào)登記表30天的許可證。

常見(jiàn)問(wèn)題

      1.散點(diǎn)圖中怎樣調(diào)整坐標(biāo)軸的范圍

      (備注：只有FCS3.0格式的數(shù)據(jù)可以在散點(diǎn)圖中調(diào)整坐標(biāo)軸的范圍。)

      點(diǎn)擊坐標(biāo)軸旁邊的“T”按鈕，選擇“Change displayed parameter range”，

      在彈出的對(duì)話框中輸入坐標(biāo)軸范圍的最小值和最大值。

      2. 直方圖中怎樣調(diào)整Y軸的范圍

      在圖形窗口中打開(kāi)“option”選項(xiàng)，在“Y Axis”中選擇“Auto”或者“Manual”，

      Auto：自動(dòng)，軟件能自動(dòng)調(diào)整Y軸的范圍，將整個(gè)直方圖顯示出來(lái)

      Manual：手動(dòng)，需要在后面的“Max”選項(xiàng)中手動(dòng)輸入Y軸標(biāo)度的最大值，然后按“回車鍵”確認(rèn)。

      比如，在此例中需要將“Max”值設(shè)為160。

      3. 反向設(shè)門：怎樣顯示子細(xì)胞群在其祖先細(xì)胞群中的位置

      在布局頁(yè)中右鍵單擊某個(gè)細(xì)胞群的圖，在彈出的下拉菜單中選擇“Show Backgating”

      4. 輸出圖形時(shí)怎樣自動(dòng)對(duì)齊

      在布局頁(yè)中選中需要對(duì)齊的多個(gè)圖形，到布局頁(yè)的“排齊”菜單中選擇對(duì)齊的類型，常用的有：頂端對(duì)齊(Tops)、底部對(duì)齊(Bottoms)、左對(duì)齊(Lefts)、右對(duì)齊(Rights)

      5. 輸出圖片的格式有哪幾種，哪種的分辨率最高

      可輸出的圖形格式有6種：PNG, JPG, GIF, SVG, EMF, PDF。其中，SVG為可縮放矢量圖形，EMF格式可以在microsoftoffice里面進(jìn)行編輯。

      在做圖形輸出的時(shí)候，如果是用作PPT的話，建議在FlowJo里面編輯完畢后再直接將完整的report輸出到PPT，不建議在PPT里面做圖形編輯。如果一定要在PPT做圖形編輯的話，需將圖片保存為EMF格式，這樣可以在PPT2003版本里面做ungroup，進(jìn)行單個(gè)編輯，不過(guò)圖片插入PPT后，轉(zhuǎn)變?yōu)镻PT可識(shí)別的圖，將會(huì)降低分辨率。

      如果是用作發(fā)表文章的話，建議將圖片保存為PDF格式，再在專業(yè)的圖片編輯器如Photoshop或者Illustrator里面進(jìn)行編輯，再輸出為雜志要求的文件格式，一般為JPG,現(xiàn)在也有雜志傾向于接收PDF圖片。

      FlowJo默認(rèn)的圖形輸出格式為PNG格式，如果需要更改，到“編輯”菜單欄里選擇“偏好設(shè)置>文件格式”，在“布局編輯器”的輸出格式類型中選擇：

      6. 是否可以調(diào)整偽色圖中每個(gè)點(diǎn)所表示的細(xì)胞個(gè)數(shù)，即調(diào)整點(diǎn)的數(shù)目，使其分辨率更高

      不可以調(diào)整。但是Dot Plot可以調(diào)整。(具體內(nèi)容請(qǐng)參考博文：如何比較不同細(xì)胞數(shù)目的流式數(shù)據(jù)?)

      7. 應(yīng)用模板分析數(shù)據(jù)時(shí)，導(dǎo)入數(shù)據(jù)之后，布局編輯器里的圖形批處理結(jié)果顯示為“No Population”

      在這個(gè)例子中，在布局頁(yè)中選擇“Exp1”，然后點(diǎn)擊“Batch”按鈕，重新批處理一次，便可得到結(jié)果。

      8. Mean, Median, Mode, Geom.Mean的區(qū)別

      Mean：平均熒光強(qiáng)度

      Median：熒光強(qiáng)度的中位數(shù)

      Mode：眾數(shù)，是一組數(shù)據(jù)中出現(xiàn)次數(shù)最多的數(shù)值

      Geometric mean：幾何平均數(shù)，是指n個(gè)觀察值連乘積的n次方根，計(jì)算公式為：

      在標(biāo)準(zhǔn)的高斯分布情況下，Median=mean=mode. 通常在流式中因?yàn)榭倳?huì)有異常值(超高或者超低值)的存在，不是完美的高斯分布，建議使用Median，降低異常值對(duì)數(shù)據(jù)的影響。

      9. 對(duì)于不同樣本，目標(biāo)細(xì)胞群所設(shè)的門的范圍及位置不相同，是否影響可比性

      不影響。同一組實(shí)驗(yàn)中的不同樣本，目標(biāo)細(xì)胞群的位置和分布范圍可能會(huì)有變化，在設(shè)門的時(shí)候，需要將目標(biāo)細(xì)胞群都劃在門內(nèi);而在分析數(shù)據(jù)的時(shí)候，是以統(tǒng)計(jì)學(xué)方法分析整個(gè)細(xì)胞群的分布情況，得到百分比以及平均熒光強(qiáng)度等數(shù)據(jù)。因此不會(huì)影響可比性。